L’économie de Mayotte est basée sur l’agriculture, l’agroalimentaire, la pêche, l’aquaculture mais le tissu économique est encore très informel. Mayotte reste donc une petite région et se place au 5e rang des régions d’outre-mer les plus pauvres de France, en termes de PIB par habitant (9220 €). La balance commerciale est déficitaire avec 510,3 millions d’euros d’importations pour 11,4 millions d’euros d’exportations en 2016. C’est le département français qui dégage le moins de richesse et le plus pauvre de France.

Depuis 2014, Mayotte est l’une des neuf régions ultrapériphériques de l’Union européenne. A ce titre, elle a bénéficié, pour la première fois, des financements de la politique européenne de cohésion, soit plus de 280 millions d’euros de fonds européens pour la programmation 2014-2020. Près de la moitié de cette somme provient du Fonds européen de développement régional (FEDER), qui a financé de multiples projets d’alimentation en eau, de traitement des déchets, de sécurisation de l’aéroport ou encore à de construction d’un nouvel hôpital. L’autre moitié provenait essentiellement du FSE (Fonds social européen) et du FEADER (Fonds européen agricole pour le développement rural), qui soutiennent notamment la formation, l’emploi et l’agriculture.

A l’été 2022, la Commission européenne a suspendu le paiement des crédits alloués à Mayotte à cause d’une mauvaise gestion des fonds. Sur la période 2021-2027, Mayotte doit percevoir 347 millions d’euros du Fonds européen de développement régional.

Plusieurs chantiers sont engagés à Mayotte pour rattraper l’important retard économique et se mettre à niveau des principales régions françaises.
La chambre de commerce et de l’industrie (CCI) et le Conseil départemental de Mayotte comptent créer une compagnie maritime pour alimenter les ports régionaux, notamment ceux qui se situent sur les petits marchés délaissés par les grandes compagnies régulières de fret. Il s’agira aussi de remplir les conditions pour développer le commerce inter-îles. Le fonctionnement de la compagnie pourrait se faire davantage sous forme d’une délégation de service public (DSP) par ligne. Un appel à projets est d’ailleurs en train de voir le jour. Parmi les options sur la table, la CCI de Mayotte s’orienterait davantage vers la création d’une société d’économie mixte locale afin de pouvoir associer les collectivités et les autres partenaires aux actionnaires.

Trois lignes sont envisagées, une qui partirait de Longoni vers les Comores, la seconde partirait de Mayotte vers Mahajanga (Madagascar). La dernière, plus longue, pourrait permettre de relier l’ile aux parfums à l’Afrique de l’Est, La Réunion ou Maurice. D’après les déclarations de la cheffe de projet, les spécificités des ports régionaux, notamment celui de Majunga, qui a peu de tirants d’eau imposent de recourir à deux navires dont les tirants d’eau sont respectivement de 2,5m et 6,5m. Le coût de fonctionnement estimé sur une année est de 4,1 millions d’euros pour les trois lignes, dont trois millions en coût d’exploitation.

Ce projet de dimension interrégionale est cofinancé par l’Interreg VA-Comores Mayotte Madagascar 2014-2020. Il est ouvert à d’autres pays comme la Tanzanie, le Mozambique et le Kenya qui vont être sollicités pour savoir s’ils veulent intégrer la compagnie qui pourrait voir le jour probablement en début 2023.